就在秦问天(盛一伦 饰)抱着莫倾城(王子文 饰)尸体绝望哭泣时，小妖兽出现，说自己知道救回莫倾城的方法，因为莫倾城是由草木之力孕育而成的，想要救回她，就需要大量的草木之力，小妖精说只要他将用草木之力聚集而成的种子种下，用自己的能量供养，或许莫倾城就会再醒来。秦问天却察觉什么，欲言又止地看着小妖兽，果然小妖兽又接着说起:

小妖兽告诉秦问天他们其实都是来自遥远的太古仙域，所以秦问天的血才能让自己苏醒，而它其实是太古仙域里一颗神树的种子，阴差阳错才来到这里，现在它需要化作神树，耗尽全部力量救活莫倾城。小妖兽为了救莫倾城打算牺牲自己，它和秦问天道别，让秦问天答应以后要帮它照顾好莫倾城。

看着在空中化成种子的小妖兽，秦问天眼眶湿润。

羿无为(向佐 饰)终于登基为帝，为秦家平反后，予以他们高位，让他们继续世代坚守的职责——镇守羿国疆土。而他做出的最令人意外的决定就是允许暗夜妖族迁回羿国。

秦问天种下小妖兽化成的树种，以血液灌溉，树种瞬间变长成参天大树，秦问天将莫倾城安放在树下，之后莫倾城化作一道光芒与神树融合。

暗夜妖皇终于放下昔日对羿国和帝盟的仇恨，他打算去羿国四处走走，看看这片凰和莫倾城一个生命去守护的土地 。他已经悔悟，对帝义说，与他比起来自己实在不是一个合格的首领，因为这些年一直对为凰报仇执迷不悟，时隔五百年，暗夜妖皇终于与帝盟和解。

在莫倾城镇剑后，太古妖剑没有再作祟，而秦问天也不会允许它再次影响自己的意识 让任何人再因此牺牲。

公羊弘与青云阁阁主互相许诺相伴余生。阁主为白晴(陈梦瑶 饰)伤怀，公羊弘告诉她白晴一生心系秦问天，她不会后悔自己的决定

秦问天再完全掌握九元府诀以后，还主动将功法传授给九华门众弟子，连任千行(谢君豪 饰)都赞叹他的心性 。任千行去遨游天下，让莫伤(张瑶 饰)暂代他的职责，成为九华门大长老。

若欢(吴佩柔 饰)已经明白了凡乐(杨暾 饰)对自己的心意，与凡乐携手去那片他提起过的美丽的草原。

秦问天来到神树前对不知什么时候才能苏醒的莫倾城说，等她醒来，要与她一起去环游天下。可就在这时，他寄托希望神树却化作飞灰消失了，连同莫倾城也一并失去了踪迹。

秦问天为了不再让妖剑有机会为祸世间，将它冰封在极寒之地。因秦问天降服妖剑有功，羿无为将秦问天封为太古神王，立生祠，享百姓万事尊崇。

秦问天站在曾经种下神树的那条河边，回忆着过去与莫倾城间发生的一切，看着川流不息的河水，他却只想到莫倾城也已经离自己远去，就在他独自伤怀时，身后出现一个撑伞的白衣女子，秦问天回过头，那白衣女子露出容颜，竟然正是莫倾城。穿越生死，久别重逢，两人吻在一起，此刻仿佛天荒地老。